Waarschijnlijk zijn er ongeveer vierhonderd werken uit de bibliotheek van de Martinikerk zelf afkomstig. Hoeveel boeken uit andere collecties in de Academiebibliotheek zijn terecht gekomen, is onduidelijk. Hoewel het grootste deel van deze titels waarschijnlijk wel is opgenomen in de gedrukte catalogus van 1669, kan er niet voetstoots van worden uitgegaan dat alle oudere werken, handschriften en incunabelen die de bibliotheek toen bezat afkomstig waren uit de Martinikerk.

De Provincie stelde zeer onregelmatig extra bijdragen voor de bibliotheek beschikbaar. Zo werd er in 1630 een onbekend, maar aanzienlijk bedrag gegeven, en vijf jaar later nog eens 2000 gulden. Een van de belangrijkste aankopen was een uit achttien delen bestaande collectie Arabische handschriften, verworven in 1620 uit de nalatenschap van Jacobus Christmannus (1554-1613), een hoogleraar in het Hebreeuws en de logica te Heidelberg.
De laatste bijdrage, van driehonderd gulden, kwam in 1641. Oorzaak van de stopzetting was de hoogoplopende onenigheid tussen Stad en Ommelanden, die beide vertegenwoordigd waren in het provinciaal bestuur waaronder de Hogeschool viel. Dit leidde ertoe dat de Ommelanden de in de Stad gevestigde Academie niet meer wilden meefinancieren.

In de jaren zestig nam de belangstelling voor de bibliotheek weer toe. In 1664 werden doubletten verkocht en de curatoren vulden de opbrengst daarvan aan tot bijna 600 gulden. In 1667 werd de bibliotheek uitgebreid naar de verdieping boven de zuidelijke vleugel. In 1668 kwam er een nieuw bibliotheekreglement met duidelijke omschrijvingen van de taken van de bibliothecaris en de pedel. Het salaris van de bibliothecaris werd op 150 gulden gesteld. Behalve het overschot van het peculium kreeg de bibliotheek nu ook een aantal vaste bijdrages bij promoties en boekveilingen toegewezen.